賴清德：南鐵東移 李鴻源「圍魏救趙」對不起臺南市民
南鐵案拆遷戶持續抗爭，臺南市長賴清德21日表示，南鐵案和苗栗大埔案本質是不同的，他的責任是如期推動，但也不輕言強拆民宅；有關內政部長李鴻源的說法，他則表示非常「震驚與遺憾」，因爲有「圍魏救趙」的意圖，硬將臺南市拖下水，如果因此導致工程延宕或停擺，那麼「李部長對不起臺南市民」。
賴清德21日召開臺南市鐵路地下化說明會，表示臺南市鐵路地下化與苗栗大埔徵收案，兩案本質上截然不同，他擔憂社會各界不明瞭，造成誤解，導致工程延宕，會對期盼鐵路地下化20多年的全體臺南市民不公平。
賴清德表示，鐵路地下化的公益性「毋庸置疑」，因爲自救會所提出的工法版本，從各角度看，無論拆遷戶數、軌道鋪設及切換次數、施工方式、總工期、地下結構厚度、連續壁至用地範圍邊界、安全性、交通影響，都沒有優於行政院版本，所以市府沒有其他的選擇，繼續推動行政院覈定的版本。
賴清德表示，基於對市民的照顧與「體恤被拆遷居民的情感」，除了可依法獲得徵地補償外，住在鐵路沿線的居民因鐵路地下化成就大臺南的交通建設，市府額外提出「專案照顧住宅方案」，選定南臺南副都心火車站前，生產路對面的精華地段，蓋住宅照顧方案，讓拆遷戶以成本價選購。
賴清德表示，鐵路地下化的推動，在公益性、必要性、對居民的照顧，都沒有問題之餘，卻發生「外縣市民衆」不明事由，而產生誤解，若導致整個重大建設的延宕或停滯，對於臺南市188萬市民是非常不公平的。
對於自救會抗爭，是否影響工程延宕一事，賴清德表示，工程覈定與執行由交通部主導，市府主要是配合交通部執行土地徵收，市府將依照既定期程推動，並要求交通部如期如質完成，至於交通部是否會受其他因素影響，因而使本案有變化或延宕，則不得而知。
賴清德說，苗栗大埔事件是徵收農地，興建工業區、住宅區、商業區，以土地增值價值來滿足開發費用，但鐵路地下化費用，是由市政府與交通部分別負擔。鐵路地下化後，騰空的土地將規劃爲公園綠道，鐵軌上方既是道路，也就無法「還地於民」。他補充說，就徵收目的，大埔案是開發工業區，南鐵是交通部重大交通建設；就徵收後用途，大埔是設廠、劃設住宅、商業區，南鐵是將鐵軌地下化，上方爲公園道，全部是交通建設；就徵地必要性，大埔可選擇其他土地做工業區開發，南鐵是配合現行鐵路，致無法遷移它地，徵地是唯一選項；就拆遷房屋，大埔部份屋主拒絕拆屋，南鐵則無論各界所提任何工法版本，都必須拆除房屋；就照顧拆遷戶，大埔是依法定補償，南鐵除了依法定補償，並提供照顧住宅方案。
至於經建會有意將臺南市鐵路地下化列入跨域加值計劃，引起外界疑慮臺鐵藉此活化營利，他表示，去年在行政院會堅決反對納入，所以最終覈定的計劃中，臺南市鐵路地下化確定沒有列入跨域加值計劃，因此並沒有任何財團利益炒作的空間。
而內政部長李鴻源將臺南市鐵路地下化與大埔案混爲一談，賴清德表示，對於李部長的發言，感到震驚與遺憾，顯然李部長髮言前，並未詳細瞭解鐵路地下化在本質上與苗栗大埔不同，把二案相提並論，將造成臺南市鐵路地下化推動的困難，如果因此導致工程延宕、停擺，李部長對不起臺南市民。李部長以政治的角度出發，並未實際瞭解兩案在工程、路線與過程的不同處，就出此言，是不恰當的，將臺南市拖下水，讓人懷疑有「圍魏救趙」的意圖。希望其他中央長官不要再犯同樣錯誤，否則對臺南市不公平。
「反南鐵東移」自救會長蘇俊文說，南鐵案和大埔案根本就是一樣的案子，都是攸關人權和土地徵收的問題，如果真的要說兩案不同，只有一個，就是一案在北部，一案在南部，南鐵案（南方大埔）發生在民進黨執政的縣市，大埔案發生在國民黨執政的縣市。
行政院民國98年覈定臺南鐵路地下化工程案，從臺南市仁德區到東區，全長8.23公里，預定民國106年完成。南鐵案預定拆除鐵路東線407戶住家，被拆遷戶組成自救會抗爭，且提出不同工法版本，但賴清德今年3月向市議會報告，決定採用行政院版本。