網藥分析流程？機制該如何驗證？

【網藥標準分析流程】

1.中藥活性成分鑑定

基於口服生物利用度大於或等於30%，藥物相似度大於或等於0.18等藥代動力學特徵，從TCMSP數據庫（https://old.tcmsp-e.com/）中檢索中藥的活性化合物。

2.獲取活性成分靶點

靶點收集來自Swiss target prediction（http://www.swisstargetprediction.ch/），設置篩選值Probability*＞0。

3.獲取疾病靶點

與疾病相關的基因來自GeneCards數據庫(https://www.genecards.org/)和OMIM數據庫(https://www.omim.org/)。

4.鑑定交集靶點

通過基因Jvenn（https://jvenn.toulouse.inrae）工具繪製了化合物假定靶點和疾病靶點的交集（OGEs）。

5.構建藥物-活性成分-靶點網絡

在 Cytoscape 中構建藥物-活性成分-靶基因關係網絡。

6.PPI分析

所有OGEs導入STRING數據庫(https://string-db.org)，構建蛋白質相互作用(protein-protein interaction，PPI)網絡。

7.篩選核心靶點

PPI網絡導入Cytoscape軟件使其可視化，然後利用CytoNCA插件分析初步的網絡拓撲參數：Degree、緊密度(Closeness centrality，CC)和介度(Betweenness centrality，BC) 3個參數值。

8.GO和KEGG富集分析

GO的功能富集(包括生物過程(BP)、分子功能(MF)和細胞成分(CC))和KEGG途徑的富集。檢索結果的過濾閾值爲p<0.05，計數按降序排列。

9.分子對接

從PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）網站下載化合物的2D結構式。在PDB（https://www.Rcsb.org/）數據庫中下載核心蛋白的蛋白結構，選擇分辨率較高且複合原配體的結晶結構的PDB格式文件，並且PyMol軟件去除水分子來優化受體蛋白的結構。採用AutoDock軟件進行分子對接，導出結果使用PyMol軟件得到對接結果的可視化，構建相互作用的模式。

10.結果分析

根 據 K EGG 分析結果，得到關鍵信號通路，實驗驗證信號通路包含的核心靶點。單個信號通路或者多個信號通路聯合分析驗證。

【福利時刻】科研服務（點擊查看）：、、、、、。諮詢加微信：hjsw_rmf